De Waddenvereniging wordt geleid door een bestuur, dat jaarlijks verantwoording aflegt aan het hoogste orgaan, de ledenraad. Het dagelijks werk wordt door zo’n twintig medewerkers uitgevoerd vanuit het Waddenhuis in Harlingen, aangestuurd door een directeur. Zij worden bijgestaan door meer dan honderd actieve vrijwilligers in heel Nederland.